Erhverv Norddanmarks aktiviteter baserer sig på de retningslinjer, der er fastlagt i organisationens vedtægter.

Erhverv Norddanmarks øverste organ er generalforsamlingen, hvor organisationens medlemmer vælger bestyrelsen. Denne udpeger af sin midte en formand, ligesom det er bestyrelsen selv, der vælger næstformand og kasserer. Bestyrelsen kan efter behov udpege et eller flere supplerende bestyrelsesmedlemmer til varetagelse af særlige opgaver.

Den daglige drift af organisationen varetages af sekretariatet under ledelse af organisationens direktør.

Erhverv Norddanmark nedsætter efter behov permanente og midlertidige udvalg, der alle referer til bestyrelsen.

Til yderligere styrkelse af netværksdannelsen mellem medlemmerne etablerer Erhverv Norddanmark grupper med fokus på specifikke områder af særlig relevans for et givent antal medlemmer. Grupperne etableres på baggrund af interessetilkendegivelser fra medlemmerne.

Gennem bestyrelsen og øvrige medlemmer af organisationen har Erhverv Norddanmark repræsentation i en lang række eksterne råd, nævn, udvalg og fonde.

Til støtte for bestyrelsens arbejde med fortsat udvikling af organisationen er der ved flere lejligheder etableret midlertidige tænketanke med specifikke arbejdsopgaver. Desuden har Erhverv Norddanmark en række tilknyttede personer, hvoraf nogle er valgt af generalforsamlingen.